LRF Trädgårds växtskyddsansvariga tar fram underlag för aktuella växtskyddsproblem i de olika produktionsinriktningarna. Trädgårdsdelegation tar sedan beslut och prioriterar vilka ansökningar som ska göras. Därefter sköter LRFs experter själva ansökningsförfarandet. Trädgårdsdelegationen tar sina prioriteringsbeslut i oktober och besluten gäller ansökningsarbetet under det kommande verksamhetsåret.
När det råder brist på växtskyddsmedel mot specifika skadegörare eller ogräs finns det möjlighet för en tredje part att ansöka om godkännande hos Kemikalieinspektionen. Växtskyddsmedelsbrist är relativt vanligt i trädgårdsgrödor, då växtskyddsfirmorna ibland väljer att inte söka godkännande för användning i mindre grödor eftersom marknaden i Sverige är liten. Därför har LRF Trädgård arbetat mycket med olika växtskyddsansökningar, antingen akuta dispenser eller ansökan om utvidgat användningsområde för en produkt som redan är godkänd i Sverige.
