LRFs högsta beslutande organ är den årliga riksförbundsstämman med totalt 150 valda fullmäktige. 70 procent väljs av regionförbunden och 30 procent av organisationsmedlemmarna.

Riksförbundsstämman väljer förbundsstyrelsen som utför de uppdrag som stämman beslutat om. Förbundsstyrelsen är styrelse för två juridiska personer: LRF ideell förening och LRF förening upa.

Lantbrukarnas Ekonomi aktiebolag, LEAB, är dotterbolag till upa-föreningen och verkställer styrelsens beslut. LEAB är även moderbolag för LRFs dotterbolag.